Spesies-spesies berlainan dipilih untuk memperoleh hasil cendawan mekah yang berbeza. Kultur-kultur ini biasanya spesies BAA yang aerobik dan Gram negatif seperti Acetobacter, Gluconobacter dan Komagataeibacter; BAL aerobik dan Gram positif seperti Lactobacillus; dan juga pelbagai jenis ragi seperti Saccharomyces dan Zygosaccharomyces.[1][2] Jenis-jenis ini disaringkan untuk melihat kebolehhidupannya dalam sekitaran yang sesuai, mencari jenis yang dapat meningkatkan hasil keluaran, dan mencari jenis yang tidak akan bersaing; selepas dipilih, berbagai-bagai sekitaran kultur diubah untuk menyiasat sekitaran mana yang akan menumbuhkannya dan mengeluarkan hasil yang paling optimum.[10]

Bagi cendawan mekah yang digunakan untuk kombuca, mula-mula gula seperti glukosa daripada teh hitam atau hijau ditapaikan dengan ragi menjadi etanol dan karbon dioksida.[11] Menurut laporan, 84.1% daripada kesemua proses penapaian kombuca dengan cendawan mekah menggunakan ragi Zygosaccharomyces kerana ia lebih stabil dalam suasana yang tinggi dengan gula dan garam, sedangkan Saccharomyces pula biasanya digunakan untuk kadar penapaiannya yang lebih efisien dan tahan menghadapi suhu dan kandungan alkohol yang tinggi.[1] Aneka ragi yang berbeza-beza boleh ditambahkan untuk memberi perisa-perisa dan aroma-aroma yang berlainan ataupun untuk memastikan tindak balas kimia yang lengkap dengan menggunakan sekitaran berlainan yang lebih optimum. Walaupun sekitaran yang optimum berbeza antara ragi-ragi berlainan, sesetengah keperluan sekitaran penapaian tidak berubah. Antara keperluannya ialah kepekatan substrat yang tinggi, tahap oksigen yang mencukupi, suhu antara 20 °C dan 30 °C, nilai pH antara 4–4.5 dan sebagainya.[12]

Langkah kedua dalam pembentukan cendawan mekah ialah memasukkan bakteria yang berbeza ke dalam kultur cecair untuk menukarkan etanol daripada proses penapaian kepada asid organik seperti asid laktik dan asid asetik. Proses-proses ini dikenali sebagai penapaian asid laktik dan metabolisme etanol.[11] Selulosa boleh terhasil sebagai hasil sampingan dalam tindak balas ini, yang akan menjadi asas cendawan mekah.[4] Sama seperti ragi, spesies bakteria yang terpilih dan juga sekitaran kultur akan mempengaruhi sifat kombuca, kandungannya dan pembentukan cedawan mekah. Walaupun ada banyak spesies yang mampu membentukkan selulosa seperti Acetobacter dan Komagataeibacter, Gluconaceobacterlah antara yang paling banyak digunakan dan terdapat dalam kira-kira 86-99% kultur cecair dan saput.[1] Sekitaran pengulturan yang diperlukan oleh bakteria-bakteria ini menyerupai sekitaran yang diperlukan ragi, namun bakteria-bakteria memerlukan lebih banyak oksigen kerana mereka bersifat aerobik dalam mengoksidakan etanol untuk menghasilkan asid organik.[13]

Setelah sekitaran kultur gabungan ini disiapkan, ia dibiarkan untuk menapai. Sesetengah kajian mendakwa bahawa tempoh optimum penapaian ialah 10 hari tetapi ini boleh diubah suai untuk mengubah kandungan hasil akhirnya; lebih lama ia ditapaikan, lebih tinggi kandungan asid organik dan asid-asid amino yang lain dan boleh dikaitkan sebagai punca perisa sampingan masam sesetengah kombuca.[13] Walaupun dikawal, spesies yang digunakan dalam kultur tersebut masih dapat mencetuskan perubahan metabolisme dengan sedikit pun perubahan dalam sekitaran kultur, lalu ia mengubah sifat hasil akhir seperti kandungan gula. Oleh sebab itu, apabila proses ini dilakukan secara terus-menerus atau dengan menggunakan kultur pemula, ia patut sentiasa diperhati.[1]